L'histoire commence dix ans après la fin de Dragon Ball Z, quand Son Gokû est transformé en enfant, à cause de Pilaf, par le Dragon sacré. Il doit rechercher les Dragon Balls pour redevenir normal et surtout sauver la terre qui, si les Dragon Balls ne sont pas réunies au bout d'un an, se désintègrera. Il part donc avec Trunks et Pan (qui s'est invitée sans leur autorisation) rechercher ces boules de cristal éparpillées dans toute la galaxie.
Durant leur voyage, ils subissent de nombreuses péripéties. Ils font la connaissance de Baby qui appartenait au peuple le plus intelligent de l'univers (les Tsufuls). Ces derniers furent anéantis par les Saiyans. Baby a été robotisé par le professeur Myû. Il se rend sur Terre, implante des œufs dans pratiquement tous les Terriens et prend possession du corps de Végéta.
En cours de combat, Son Gokû atteindra le niveau 4 du Super Saiyan afin de le battre.
Le professeur Myû et le docteur Gero se retrouvant en enfer, ils se décident à travailler ensemble sur un nouveau modèle de cyborg. Mettant leurs connaissances en commun, ils en arrivent à créer un double de C-17. Ils échafaudent, par la même occasion, un plan pour piéger Son Gokû en enfer et faire sortir tous les ennemis qu'il a tués (sauf Cell et Freezer qu'il combattra en enfer). C-17 et son double s'uniront en un seul cyborg : Super C-17. Celui-ci deviendra infiniment plus puissant que les cyborgs précédents.
Les Dragon Balls ayant été trop utilisées (9 fois en 30 ans), elles font apparaître les dragons maléfiques qui se trouvaient dans chaque boule. Son Gokû et Pan devront donc se battre contre les 7 dragons maléfiques afin de restaurer la paix sur Terre. Une fois les sept dragons vaincus, Shenron indique que dorénavant, les héros ne pourront plus utiliser les Dragon Balls et devront se débrouiller par eux-mêmes pour résoudre leurs problèmes.
Son Gokû part avec le dragon et absorbe les 7 boules de cristal. Ce qu'il advient réellement de Son Gokû reste un mystère
